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Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - Druckversion

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Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - nt_grizzly - 26.09.2019

Hallo ihr Lieben,

ich habe von meinem Spezi noch einen Hinweis bekommen, dass man mittlerweile bei unklarer Ursache seiner Beschwerden auch eine Genanalyse sämtlicher Keime im Blut/Punktat/Liquor?/etc machen kann.
Gibt eine Firma, die das gerade anfängt kommerziell zu vermarkten.
Bisher geht es anscheinend aber alles noch über das Fraunhofer IGB.
Scheint eine Ausgründung von dort zu sein.

Das Verfahren nennt sich Next Gereation Sequencing.

Ich selbst weiß/nehme an zu Wissen, welche Erreger meine Symptome verursachen, aber vielleicht gibt es jemand, der da sicher gehen möchte und sich den Test auch leisten kann (soll um die 1500€ kosten).

Da ich nicht weiß, ob ich den Firmenname hier einstellen darf, gebe ich ihn gerne per PN weiter.

RE: Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - Markus - 26.09.2019

Ich denke du kannst den Link hier reinstellen, dann kann man auch besser drüber diskutieren. Werbung ist das nicht, da du ja selbst daran nichts verdienst.

Ich denke aber, dass der Test für uns wahrscheinlich nicht brauchbar ist. Der ist vermutlich gedacht zur Sepsisdiagnostik, da hat man hohe Keimzahlen im Blut, nicht mit dem zu vergleichen, was man bei uns Chronikern erwarten würde. Aber mal schauen, ob er überhaupt auf Borreliose und Co testet, denn die sind ja bei Sepsis kein Thema.

RE: Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - nt_grizzly - 27.09.2019

https://www.noscendo.com/

RE: Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - Markus - 27.09.2019

Ich werde es mir bei Gelegenheit mal in Ruhe anschauen, klingt zumindest interessant:

Zitat:DISQVER® ist ein molekular-diagnostischer Erregertest, der mittels Next-Generation-Sequencing (NGS) und proprietären bioinformatischen Auswertungsalgorithmen der Noscendo GmbH die zuverlässige Detektion von insgesamt über 1.500 Bakterien, DNA-Viren, Pilzen und Parasiten anhand von zellfreier DNA (cfDNA) im Blutstrom von Patienten ermöglicht.

Eventuell muss man dann dort mal direkt anfragen, welche Erreger genau untersucht werden (sind "unsere" dabei) und vor allem mit welcher Sensitivität sie diese dort detektieren können. Wie ich vermutet habe geht es da nämlich um Sepsisdiagnostik und da hat man es mit einer hohen Erregerdichte zu tun. Das ist bei uns nicht zu erwarten. Ich kann mir auch nicht vorstellen, dass so ein breitbandiger Screen sensitiver sein soll, wie wenn ich direkt eine spezifische PCR auf z.B. Borrelien laufen lasse.

Vielleicht kann Towanda was dazu sagen?

@nt_grizzly: Hat dein Spezi diesen Test schon bei Patienten einsetzt und mit welchen Ergebnissen?

RE: Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - Markus - 27.09.2019

Hier kommt man direkt zu den FAQ: https://www.noscendo.com/disqver-faq/

Unter anderem heißt es da:

Zitat:Ermittelt DISQVER eine absolute Zahl an Pathogenen?

Nein, DISQVER trifft eine Aussage über signifikant erhöhte Pathogene im Patientenblut, ermittelt über Fragmente zellfreier DNA im Blutstrom und nicht über die koloniebildenden Einheiten (colony forming units/CFU). Die absolute Anzahl der Keime wird dabei nicht ermittelt.

Welche Erregerklassen werden detektiert?

DISQVER ermittelt Pathogene durch Vergleich mit einer Datenbank von über 6000 Bakterien, DNA-Viren, Pilze und Parasiten. Neben der sehr präzisen Detektion der Erreger ermöglicht DISQVER insbesondere eine genaue Unterscheidung zwischen Kontamination/ Kommensale (z.B. Hautkeime) und der eigentlichen Infektion.

Wie sind die Unterschiede in der Detektion zur Blutkultur?

DISQVER ist kulturunabhängig und kann (abhängig von der Sequenzierungstechniken) über proprietäre Algorithmen und Datenbanken die Daten der Sequenzierung zellfreier DNA aus Patientenblut analysieren. Durch diese statistische Signifikanzanalyse ist eine Unterscheidung von Pathogenen und Kontaminationen oder Kommensalen möglich, welche in der Blutkultur falsch-positive Ergebnisse liefern können. DISQVER bietet in den meisten Fällen eine Zeitersparnis im Vergleich zur Blutkultur. Im Gegensatz zur durchschnittlichen Kulturdauer der Blutkultur von 3 Tagen (bis zu 7 Tagen) liefert DISQVER ca. 36 Stunden nach Probenversand ein Ergebnis


RE: Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - johanna cochius - 27.09.2019

Ich finde das klingt extrem interessant...
Nur, wie ist das bei z.B. Borreliose, die Bakterien sind ja nicht mehr großartig im Blut...
Und 6.000 Bakterien, je nachdem was bei dem Test raus kommt, kennt sich doch keiner damit aus!?
Ist er denn auch wirklich anerkannt in Kliniken, bei Ärzten?
Wäre toll Markus, wenn du die Kraft hättet da mal anzurufen...

RE: Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - berta - 28.09.2019

Ich finde es auch sehr spannend, habe die Befürchtung, dass es wieder so eine falsche Versprechung sein könnte wie die Geschichte mit der Dunkelfeldanalyse.
Wenn es genaue Fragen dazu gibt, könnte ich eventuell schon einmal dort anrufen...
Dazu müsste ich mich aber erst etwas genauer damit beschäftigen.

RE: Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - Markus - 28.09.2019

(28.09.2019, 10:39)berta schrieb:  habe die Befürchtung, dass es wieder so eine falsche Versprechung sein könnte wie die Geschichte mit der Dunkelfeldanalyse.
Es ist keine falsche Versprechung. Es ist ein Verfahren zur Sepsisdiagnostik. Ich bezweifle aber, dass es fuer uns geeignet ist, werde da aber bei Gelegenheit mal anrufen.

RE: Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - Towanda - 28.09.2019

Ja, Markus, ruf mal an, wenn du magst.
Mei Gehirn ist momentan zu matschig, um komplett erfassen zu können was da abgeht.
Es gibt eben mehrere Methoden für NGS und ich bin mir nicht im Klaren welche dort angewendet wird.
Bin mir auch nicht im Klaren ob die cfDNA amlipifiziert werden muss bevor man sie sequenziert.
Unter Umständen nicht. Wenn ich es richtig verstehe, dann ist cfDNA das Target. Und wenn wir Borrelianer eine AB Therapie machen, dann sollte die Borrelien ja kaputt gehen und man sollte genügend cfDNA im Blut/Körperflüssigkeit habe. Sensitiver ist die Methode allemal.

Und ob die bekannte Primer dazugeben von den Pathogenen, die zu erwarten sind (Sepsis).
Das müsste man dann halt für die Borre auch machen. Das wäre eine Hürde. Aber die müsste zu nehmen sein. Die Genome sind ja bekannt.

Hmm. Ja, im Prinzip würde es tatsächlich möglich sein, einen Borre Test mit NGS zu etablieren. Theoretisch.
Tatsache: es würde wieder nur DNA detekiert. Und keine aktive Infektion
Aber zumindest für seronegative, symptomatische Patienten wäre es doch schon mal ein Fortschritt.

Es gibt aber noch eine andere Möglichkeit zum Nachweis unter Zuhilfenahme von Massenspektrometrie. Das wird auch schon z. T. für verschiedene Erreger gemacht.
Warum das nicht schneller geht weisslich auch nicht. Mangelndes Interesse, sehr zeitaufwendig für eine Modekrankheit die es ja gar nicht gibt, etc.

Meiner Meinung nach wäre ein überlappender Ansatz, direkter Nachweis plus indirekt am Besten. Es wurde hier schon einmal darüber gesprochen:

https://www.bionity.com/de/news/1162536/neuartige-diagnostik-fuer-borreliose.html

RE: Genanalyse sämtlicher Keime im Blut (Next Generation Sequencing) - Markus - 25.10.2019

Ich habe jetzt dort angerufen und werde noch Rückmeldung bekommen, ob das von der Logistik her für uns praktikabel ist. Im Moment wird das wohl nur zu Testzwecken in Zusammenarbeit mit Kliniken eingesetzt.

Es soll sensitiver sein als eine normale PCR, da das gesamte Genom des jeweiligen Erregers detektiert wird (zumindest habe ich es so verstanden). Preis würde wie schon gesagt um 1500 € liegen.

Die detektierte DNA wird mit einer Datenbank abgeglichen, in der alle bekannten Erreger drin sind (ca. 15 000), also prinzipiell werden alle unsere Erreger mit erfasst.

Es erfolgt dann aber eine Bewertung, wie relevant das ist. Die "Rohdaten" bekommt man nicht, sondern nur die Bewertung. Bei Erregern, die prinzipiell nicht ins Blut gehören (wie Borrelien) sollte die Bewertung aber immer positiv sein, falls was gefunden wird. Der Punkt ist halt, dass überhaupt was im Blut sein muss. Wie das dann bei Erregern aussieht, die schon mal im Blut sein können, ohne dass das Relevanz hat (wie viele Viren), weiß ich nicht. Da muss ja dann eine Schwelle definiert sein, ab wann das klinisch relevant ist. Da der Test primär für schwer kranke Patienten entwickelt wurde, könnte die Schwelle da so hoch sein, dass Leute mit was Chronischem da drunter durchrutschen.