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Anmerkungen zur Technik des Western-Blots
#11

(28.12.2016, 14:46)zenf schrieb:  ...
gerhard ist doktor der mikrobiologie (nicht arzt), war lange in der forschung in den usa
und mit dem thema wohl vertraut.

Das stimmt nicht ganz. Exakt bin ich Diplom-Biologe (Fachrichtung Mikrobiologie) und Dr. rer. nat. (Biochemie), "fühle" mich aber mehr zur Mikrobiologie als zur Biochemie hingezogen.
Ich habe weder praktisch mit Borrelien gearbeitet noch war ich in der mikrobiologischen Diagnostik tätig. Deswegen bitte ich um Verständnis, wenn ich nicht auf Anhieb exakt plazierte Fragen zu Borreliendiagnostik beantworten kann und mich in bestimmte Aspekte erst einlesen muß.
Meine Interessenschwerpunkte liegen in der Physiologie und Molekulargenetik grampositiver Bakterien (wobei ich sicher Hunderte von Western-, Southern- und Northerns selbst durchführte), in der vergleichenden Analyse bakterieller Genome mittels Bioinformatik und in bakterieller Taxonomie. Erst als Kumpel zenf im Herbst 2016 mit der möglichen Diagnose "Borreliose" konfrontiert wurde (darüber soll er selbst mehr erzählen), habe ich mich näher mit Borrelien beschäftigt. Wir haben erkannt, daß Vieles hier gewaltig schiefgelaufen ist, immer noch schief läuft und wir uns engagieren müssen.

(29.12.2016, 11:34)Regi schrieb:  ....
Obwohl VLSE nur in vivo exprimiert wird,
...
LG, Regi

Das ist formal nicht ganz korrekt. Es muß heißen: vlsE nur in vivo exprimiert. Warum? Es gibt ein Regelwerk zur Schreibweise von bakteriellen Genen und Proteinen in Fachartikeln, das in den "Anleitungen für Autoren" der Fachzeitschriften zu finden ist. Diese Nomenklatur wurde 1966 erstmals in Grundzügen vorgestellt
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1211113/
und ist heutzutage allgemein akzeptiert.
http://www.biosciencewriters.com/Guideli...Names.aspx
Kurz gefaßt lauteten die Regeln:
  • Die Namensbezeichnungen bakterieller Gene (meist vier Buchstaben) werden kursiv gesetzt, der Anfangsbuchstabe und die beiden folgenden werden klein geschrieben, der vierte groß.
  • Die Namensbezeichnungen bakterieller Proteine werden in Normalschrift gesetzt, wobei der Anfangsbuchstabe in Großbuchstaben, die beiden folgenden klein und der vierte wieder groß geschrieben werden.
vlsE bezeichnet also das für VlsE codierende Gen; ein Gen kann exprimiert werden, nicht aber das entsprechende Genprodukt.
Leider wird diese Nomenklatur von den Laborärzten bzw. von den in den Labors verwendeten Softwarepaketen nicht generell unterstützt, diese schreiben "VlsE" zeitweise korrekt, zeitweise falsch ("VLSE").
Siehe auch:
https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_nomenclature
Weil es gerade hierher paßt: Weitere Regeln zur Schreibweise in Fachartikeln:
  • Alle lateinischen Ausdrücke (in vivo, in vitro, sensu lato usw.) sowie die Gattungs- und Artnamen von Lebewesen werden kursiv geschrieben.
  • Beim ersten Erscheinen des Namens eines Lebewesens wird dieser vollständig geschrieben, bei folgenden Erwähnungen wird nur der erste Buchstabe des Gattungsnamens verwendet, der Artname vollständig geschrieben. Also: Beim ersten Auftreten der Art Borrelia burgdorferi wird der Name vollständig geschrieben, im weiteren Text steht dann B. burgdorferi.
  • Ist auf dem verwendeten System keine Kursivschrift vorhanden (z.B. Schreibmaschine), so wird alles, was kursiv geschrieben werden soll, unterstrichen (z.B. in Dissertationen der 70er Jahre).
Ich habe diesen ganzen Regeln ausführlich geschildert, weil sie sich auch für eine(n) Fachmann/frau nicht intuitiv erschließen lassen und es durchaus einen Unterschied macht, ob in einem Artikel das Gen ospC oder das Protein OspC gemeint ist.

(29.12.2016, 11:34)Regi schrieb:  Es freut mich ausserordentlich, dass Forscher den Weg ins Forum gefunden haben. Ich muss ehrlich gestehen, dass mich die Technik weniger interessiert als die Aussagekraft.

Im Zusammenhang mit Borreliose-Serologien habe ich folgende Frage:
Obwohl VLSE nur in vivo exprimiert wird, werden entsprechende Western Blot-Ergebnisse von den Labors nicht als aktive Infektion interpretiert. Warum? Besteht auch beim VLSE die Möglichkeit, dass sie nur eine Seronarbe nachweisen? Wie lange dauert es im Maximum, bis VLSE-"Antikörper" bei nicht mehr aktiver Infektion abgebaut sind?

Wie siehts so bei der Forschung nach besserer Diagnostik aus? Sind irgendwelche Projekte in der Pipeline? Insbesondere interessiert mich Diagnostik aus leicht zu entnehmenden Proben (z.B. Urin, Blut) zum direkten Nachweis von Borrelien oder deren "Stoffwechselprodukte", die eine aktive Infektion beweisen könnte. Die ganzen indirekten Tests sind ja bekanntlich für den Müll. Da kann ich mir genauso gut die Karten lesen lassen. Der ganze Evidenzschrott in den Leitlinien steht und fällt mit einer zuverlässigen Diagnostik. Da fühle ich mich, ehrlich gesagt, von der Forschung total im Stich gelassen.

LG, Regi

Ich habe intensiv bei PubMed nach Ursachen gesucht, wieso eine positive VlsE-Bande allein nicht krankheitsbeweisend sein soll; eigentlich sollte VlsE ein guter Kandidat sein, wie beispielsweise aus dieser Arbeit hervorgeht.
http://cid.oxfordjournals.org/content/53/6/541.long
Kannst Du mir bitte eine Quelle für die Aussage (" werden entsprechende Western Blot-Ergebnisse von den Labors nicht als aktive Infektion interpretiert") nennen? Ich würde dann die dort zitierte Literatur durchschauen und vielleicht eine Antwort finden. Die weiteren Fragen zu VlsE kann ich noch nicht beantworten; da brauche ich noch etwas Zeit zum Nachlesen

Ich stimme vollkommen mit Dir überein, daß das gegenwärtige serologische zweistufige Testsystem mit ELISA und anschließendem Westernblot unzureichend ist. Dieses System geht von einem Patientenidealbild aus unter der Maßgabe, daß das Immunsystem jedes Menschen in gleicher Weise auf eine Borrelieninfektion zu reagieren habe. Es negiert die Möglichkeit der Erregerpersistenz, die Immunevasionsstrategien der Borrelien und die Individualität ("genetische Prädisposition") des Patienten im Allgemeinen und die Individualität des jeweiligen Immunsystems im Besonderen. Ich glaube, verbesserte Diagnose und Therapie der chronischen Borreliose könnte ein Paradigma für die sogenannte "personalisierte Medizin" werden.
https://de.wikipedia.org/wiki/Personalisierte_Medizin

Vor ein paar Jahren ist in der molekularbiologischen Forschung das -omics-Zeitalter angebrochen. Fortschritte in der Computertechnik und im Bau analytischer (Groß)-Geräte (DNA-Sequenzierer, verschiedene Spielarten von Spektrometern, Durchflußzytometer etc.) haben diese Fortschritte ermöglicht. Die Suche nach geeigneten alternativen Borreliose-Biomarkern in Körperflüssigkeiten hat gerade begonnen: Es gibt erste Arbeiten, die sich mit den Unterschieden im Metabolom (die Gesamtheit aller möglichen unterschiedlichen Stoffwechselprodukte) von Gesunden im Vergleich zu Borreliosekranken beschäftigen. Hier ein Übersichtsartikel zum Stand der -omics-Technologien bei Borreliose:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27900646

Allgemeines zum Metabolom:
https://de.wikipedia.org/wiki/Metabolom.
---
Ronald Davis, ein Stanford-Professor für Genetik, dessen Sohn an ME-CFS erkrankt ist, hat mit Hilfe seiner Stanford-Kollegen ein beispielloses Forschungsprogramm zum molekularen Verständnis der Krankheit ME-CFS auf die Beine gestellt. Ein kurzer Film über die Familie Davis:
https://www.youtube.com/watch?v=si_JJf-SVnQ

Hier ein Überblick über die Tests, die an einer kleinen Anzahl (ich glaube es waren zwanzig) schwerkranker ME-CFS zur Zeit durchgeführt werden:
http://www.openmedicinefoundation.org/ph...-of-tests/

Da manche Borreliosepatienten auch an ME-CFS erinnernde Symptome entwickeln, hofft er, daß Ergebnisse aus diesem Forschungsprogramm auch bei einer Untergruppe von Borreliosepatienten hilfreich sein könnten:
http://www.openmedicinefoundation.org/wh...nitiative/

Die ersten Ergebnisse des Programms kamen aus der Metabolomforschung:
http://www.openmedicinefoundation.org/ex...ics-study/

Ich wünsche mir eine ähnlich umfangreiche europäische Studie an Borreliosepatienten, die sich notwendigerweise mit den in Europa vorherrschenden Borrelia-Stämmen beschäftigen muß. Ich hoffe inständig, daß ein ähnlich einfacher Test zur Infektion mit Borrelien entwickelt werden kann, wie er zum Test auf Helicobacter pylori existiert.
https://de.wikipedia.org/wiki/Atemgastest

(01.01.2017, 07:53)urmel57 schrieb:  Meine Neugierde in 2017 konzentriert sich auf die Frage, inwieweit nicht in vitro anzüchtbare Borrelienstämme mit diesen Methoden überhaupt nachweisbar sind und wie man das validieren will...Icon_denker

Die isolierten IgM mit OspC / p41 werfen da große Fragezeichen auf. Vielleicht wird 2017 diese Geheimnis mal wirklich gelüftet?

Mi besten Grüßen fürs Neue Jahr

Urmel, das derzeit nicht auf dem Eis sitzt.

Icon_tropical-island

Ich bin mir nicht sicher, die Frage richtig verstanden zu haben. Deswegen antworte ich in zwei Varianten.

1) Du meinst mit den von Regi angesprochenen Biomarkern? Der sichere Nachweis eines Zusammenhangs kann nur in Kombination mit neuen Erkenntnissen zur Physiologie von Borrelien oder Menschen erfolgen, d.h. entweder produzieren die Borrelien Biomarker, die normalerweise nicht vorhanden sind oder die Anwesenheit von Borrelien im Körper induziert (Konzentrationserhöhung) bzw. reduziert (Konzentrationserniedrigung) die Produktion des entsprechenden Biomarkers, wobei ein positiver Nachweis natürlich besser ist als ein negativer. Der physiologische Hintergrund des Atemgastests bei einer Helicobacter-Infektion beruht darauf, daß das Bakterium mit Hilfe des Enzyms Urease Harnstoff im Magen (ich weiß auch nicht, wie dieser dort hinkommt) in Ammoniak und Kohlendioxid spaltet, um sich im sauren Milieu des Magens mit Hilfe des Ammoniaks eine kleine alkalische Insel zu schaffen. Eine ähnliche physiologische Erklärung müßte sich auch für einen potientiellen, durch den Metabolismus der Borrelien in vivo produzierten Biomarker für Borrelieninfektionen finden lassen.

2) Oder gibt es tatsächlich nicht kultivierbare Borrelienstämme, die mit serologischen Methoden nachgewiesen werden sollen? Dann hätten wir das Problem, daß keine nativen Antigene für ELISA/Westernblot zür Verfügung stehen. Wenn man sich nicht auf Kreuzreaktionen verlassen will, müßte man, sofern die DNA-Sequenz des nicht kultivierbaren Borrelienstammes bekannt ist, die Gene für potientielle Antigene über PCR klonieren und rekombinant exprimieren. Die DNA-Sequenzierung aus einzelnen Zellen nicht kultivierbarer Mikroben ist seit einigen Jahren Routine, siehe z.B.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22890147

Bitte gib mir eine Quelle, was Du mir den Fragezeichen bei OspC, p41 und IgM meinst, ich verstehe die Anspielung nicht.

Ich merke schon, ich werde in einigen Punkten (insbesondere VlsE) bei meiner Antwort nachbessern müssen. Das hängt auch davon ab, welche Reaktionen ich von Euch bekommen werde und auf welche Literatur Ihr mich aufmerksam machen werdet - wie gesagt, ich bin kein Borrelien-Experte.
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#12

(06.01.2017, 03:37)gerhard schrieb:  welche Reaktionen ich von Euch bekommen werde

Von mir kommt erstmal ein großes Dankeschön für die Sendung mit der Labormaus! Icon_thumbs2-up_new

Zitat:was Du mir den Fragezeichen bei OspC, p41 und IgM meinst

Ich vermute, Urmel meint damit solche Patienten wie mich - immer positiver IgM im ELISA, aber nie IgG gebildet (deshalb "isoliert"; nennen u. a die Rheumatologen so). Im IgM-Blot hatte ich die Banden 25 KD (OspC) und 41 KD positiv.

Shit happens. Mal bist Du die Taube, mal das Denkmal...

Gehört zu den OnLyme-Aktivisten: www.onlyme-aktion.org
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#13

Zitat: Im IgM-Blot hatte ich die Banden 25 KD (OspC) und 41 KD positiv.
Bei mir dito. Und ich war schon mind. 6 Jahre im Stadium 3 mit Acrodermatitis. Und dann gabs noch Labors, wo ich komplett negativ war und eins, wo ich einen grenzwertig positiven IgG-Blot hatte. Die Diagnose konnte mittels zwei positiven PCR-Ergebnissen (Haut und Blut) und einer Histologie aus Hautprobe nahezu gesichert werden.

Zitat:Kannst Du mir bitte eine Quelle für die Aussage (" werden entsprechende Western Blot-Ergebnisse von den Labors nicht als aktive Infektion interpretiert") nennen?
Nein, kann ich leider nicht. Ist etwas, dass ich bei der Beratung Betroffener feststellen musste.

Zitat:Von mir kommt erstmal ein großes Dankeschön für die Sendung mit der Labormaus!
Dem schliesse ich mich an. Heart

LG, Regi

Je mehr ich über die Borreliose weiss, desto mehr weiss ich, dass man fast gar nichts weiss.

Nichts auf der Welt ist gefährlicher als aufrichtige Ignoranz und gewissenhafte Dummheit. (Martin Luther King)

Absenz von Evidenz bedeutet nicht Evidenz für Absenz
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Thanks given by: Waldgeist , USch4 , Filenada , Valtuille , borrärger , urmel57
#14

Hallo Gerhard,

erstmal herzlichen Dank für deine ausführliche Antwort. Jetzt bin ich auch wieder am PC, da fällt mir das Buchstabensortieren etwas leichter. Cool

Ein Problem ist das Koch'sche Postulat.

Zitat: 1. Es müssen konstant in den lokal erkrankten Partien Organismen in typischer Anordnung nachgewiesen werden.
2. Die Organismen, welchen nach ihrem Verhalten zu den erkrankten Teilen eine Bedeutung für das Zustandekommen dieser Veränderungen beizulegen wäre, müssen isoliert und rein gezüchtet werden.
3. Mit den Reinkulturen muss die Krankheit wieder erzeugt werden können.“
https://de.wikipedia.org/wiki/Henle-Koch-Postulate

Borrelien lassen sich oft nur sehr schwer anzüchten, insbesondere wissen wir zu wenig über die nicht anzüchtbaren Stämme und warum Borrelien nicht regelhaft anzüchtbar sind. Wir hatten in den USA das Problem mit dem Laborstamm, so dass 2013 die Fallzahlen mal flugs um den Faktor 10 erhöht wurden, als das erkannt wurde. Da wurde lediglich zuvor nur mit einem Stamm gearbeitet. Ob die hier in Europa verwendeten Stämme tatsächlich alle Wildstämme abdecken ist ja nicht klar.
https://forum.onlyme-aktion.org/showthread.php?tid=2868

Mittels Xenodiagnose konnten Persister nach antibiotischer Behandlung mittels PCR nachgewiesen werden. Sprich gesunde Zecken konnten Borrelien-DNA von einem Menschen! auf ein gesundes Tier übertragen, wenngleich auch nur in wenigen Fällen.

Zitat: Teilgenommen haben 10 Personen, die vermeintlich am bis heute unbewiesenen Post-Lyme-Syndrom* leiden, 10 Personen mit hoher Antikörper-Zahl gegen Borrelia burgdorferi (Bb) nach antibiotischer Behandlung, 5 Personen mit einem Erythema migrans (EM) (einschl. absolvierter antibiotischer Therapie), eine Person mit EM, die anlässlich der Studie mit einer antibiotischen Behandlung begann und 10 gesunden Probanden.


Die Zeckenlarven wurden unter einem Verband möglichst nahe an betroffenen Gelenken oder dem EM platziert. Nach vier bis sechs Tagen wurden die Zecken entfernt und auf Bb untersucht.

Bei 23 Freiwilligen mit Lyme-Borreliose hatte mindestens eine Zecke gesaugt, davon wurden 19 Personen negativ getestet. Zwei Personen hatten unbestimmte Ergebnisse, vielleicht wegen Laborkontamination. Die Xenodiagnose war nur bei zwei Personen (eine mit EM, eine mit Post-Lyme-Syndrom) positiv auf Bb-DNA.
https://www.borreliose-verschwiegene-epi...vertragen/

*Problem dieser Studie ist, dass das Post-Lyme-Syndrom in unterschiedlichster Weise betrachtet wird, dass man es als Krankheitsbild nicht sauber definieren kann - eine Studie, die darauf aufbaut, birgt von vornhinein die Gefahr eines großen methodischen Mangels und man muss sich gründlich die Ein- und Ausschlusskriterien der Studie betrachten.


Ein weiteres Problem ist dann auch, dass eigentlich keiner weiß, was diese nicht anzüchtbaren und nichtkultivierbaren Borrelien (was ja durchaus bekannt und anerkannt wird) im Körper machen können - zumindest keine typischen Symptome** wie in diesem verlinkten Review aus 2014 von Wormser et al. deutlich wird. Langfristig sehe ich diese jedoch als Zeitbombe. Argumentativ werden dann Totschlagargumente gebracht, dass Mäuse keine Menschen seien und somit nicht einfach auf die menschliche Situation übertragbar.

** typische Symptome sind allerdings auch sehr willkürlich festgelegt und sollten lediglich zu Vereinheitlichung der Forschung führen, sie haben dann allerdings nicht immer was mit der Realität zu tun. Das geht auch leider bei der Betrachtung der Patienten auch etwas verloren.

Wenn du schreibst, lieber Gerhard, wenn ich das richtig verstanden habe, dass die Anzüchtbarkeit in Kultur eine Voraussetzung ist, um entsprechende Antigene erzeugen zu können, wäre es für mich die logische Konsequenz, dass sich diese nicht kultivierbaren Borrelien dann auch mittels des Zweistufentests nicht sauber nachweisen lassen?

Solange der Mensch keine Beschwerden hat, ist das ja auch schön und gut - nur gibt es leider diejenigen, die dann doch Beschwerden haben und auffälliges IgM, das mir bisher niemand sauber erklären konnte, über Jahre bestehenbleibt. Meine langjährige Beobachtung aus Foren und auch um direkten Umfeld, ist auch, dass Patienten, denen es lange Zeit nach nachgewiesener und antibiotisch behandelter Lyme-Borreliose wirklich wieder gut ging, plötzlich nach weiteren Zeckenstich(en) eine sehr starke Reaktion haben, die bis zum kompletten Rückfall auf das Niveau der Ersterkrankung ( und noch schlimmer darüber hinaus) führen können. Auffällig ist, dass auch dann lediglich das IgM mit den Banden vor allem OspC auffällig bleiben und sich keine weitere Serokonversion zu IgG ergibt. Mit weiterer antibiotischer Behandlung sind dann die Symptome durchaus wieder in den Griff zu bekommen - diese bestehen dann aber oft wesentlich länger und intensiver als zuvor aber manchmal sind sie auch nicht mehr so einfach in den Griff zu bekommen. (Davon gibt es auch genügend Patienten hier im Forum) - da kommen dann auch andere Umweltfaktoren, genetische Disposition etc. ins Spiel.

Die offizielle Lesart ist aber, dass diese ich nenne sie "isolierte IgM" keine Aussagekraft hätten, da sie in gesunden Teilen der Bevölkerung in gleichem Maße zu finden seien wie in Kranken..... was ich aber durch meine Beobachtungen hier anders bewerte.

Ich sehe hier erheblicher Nachbesserungsbedarf in der medzinischen Forschung , wozu dann aber leider eben auch Mensch-Tierversuche nötig wären, die in Deutschland nur sehr schwierig zur Genehmigung gebracht werden können.

Ganz pragmatisch gesehen sehe ich alle Behandlungsversuche dann als blind-dates ....

Deine Gedanken zu diesen IgM und meinen ideen dazu interessieren mich sehr. Ich hoffe, ich konnte klar machen, was mich bewegt.

Liebe Grüße Urmel

Mitglied bei => Onlyme-Aktion.org

Lass das Verhalten anderer nicht deinen inneren Frieden stören (Dalai Lama)
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#15

(25.12.2016, 22:54)gerhard schrieb:  Auf der "Informieren"-Seite von "OnLyme.org"
http://onlyme-aktion.org/informieren-2/
steht folgender Text:

Zitat:Beim Westernblot (auch Immunoblot) werden Antikörper, die sich gegen spezifische Borrelia burgdorferi-Proteine richten und die man über unterschiedliche Reaktionen nachweisen kann, auf eine Membran übertragen (engl. Blotting, to blot = klecksen, beflecken). Auf einer Art Papierstreifen bilden sich sogenannte Banden.

Zwei Aussagen stimmen so nicht:
- Die Bezeichnung "blot" für die angewendete Technik leitet sich nicht vom der Bedeutung "klecksen, beflecken" für das Verb "to blot" ab, sondern vom Substantiv "blotting paper" für "Lösch- oder Fließpapier".
- Nicht die Antikörper, sondern die Antigene werden auf die Membran übertragen.

Hallo Gerhard,

vielen Dank, dass du uns auf diese Fehlerteufel aufmerksam gemacht hast - wir haben das nun entsprechend korrigiert. Wir erheben auch keinen absoluten Anspruch auf Richtigkeit auf unseren Seiten, bemühen uns aber stetig darum. Für Hinweise dieser Art sind wir daher immer dankbar.

Wer sich zusätzlich engagieren möchte und dies nicht alleine tun möchte, findet bei uns gute Möglichkeiten im Verein. Wenn Interesse daran besteht, dann könnt ihr uns gerne auch direkt kontaktieren, am besten über die untere Emailadresse oder unter kontakt@onlyme-aktion.org.

Neues Engagement begrüßen wir sehr.

Herzliche Grüße Icon_winken3

Ursula

1. Vorsitzende
OnLyme-Aktion.org
Aktionsbündnis gegen zeckenübertragene Infektionen Deutschland e. V

email: vorstand@onlyme-aktion.org
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